太熙元年（290年），晋武帝去世，皇太子司马衷即位，是为晋惠帝。由于晋惠帝是个“白痴”，没有能力治理国家，先后由太傅杨骏和汝南王司马亮专权。他们二人互相仇视，政局动荡不安。傅咸深怀忧虑，为了防止祸乱，他不惜冒着杀身之祸，再次向权臣进谏，表达他忧国忧民、不肯随波逐流的心愿。
博咸首先对杨骏说：“居丧三年的制度，早就不实行了。如今皇上谦和，把朝政委托给你，可是天下臣民并不认为这是上策。面对这种局面，恐怕你也不易承当。先前周公是位圣人，他辅政后还招来流言蜚语。何况如今的皇上年龄并不像当年周成王那样幼小。所以我私下认为，等丧事办完之后，你应当慎重考虑进退的事情。如能体察我的真诚，也就用不着多说了。”杨骏不予理睬，傅咸又多次规劝。杨骏心怀不满，想把傅咸赶出朝廷，去作郡守。杨骏的外甥李斌劝他说：“贬斥了正直的人，恐怕也有损你的声望。”杨骏这才没有赶走博咸。杨骏的弟弟杨济则又给傅咸写信说：“俗话说，‘生了一个傻儿子，一辈子无官司。’官场上的事情是不宜搞得太清楚的，我担心你的脑袋都要碰破了，所以写信提个醒。”傅咸回信说：“卫公曾经说过：‘醇酒美女杀人，比直言杀人还要厉害’。可是，因酒色获罪而死并不后悔。因担心言行正直会招来灾祸，是由于此心并不正直，只求苟且偷生，明哲保身罢了。自古以来，凡是言行正直而招来灾祸的人，往往是由于疾恶太深，矫枉过正；或者并非真心实意，只想高声痛斥,出气泄愤而已，岂有赤诚之心反遭仇视的道理呢。”
元康元年(291年），晋惠帝的皇后贾南风通过政变控制了朝政。贾皇后虽然为人阴险凶悍，善于权术，但也起用了一些正直的官员，使西晋王朝出现了短时的安静。傅咸也在这时官拜太子中庶子、御史中丞。不久朝廷下诏，要群臣举荐郡县官吏，候补朝官。傅咸又怀着为国除弊的诚心，再次上书朝廷，表达他对选官的意见。他认为要治理好国家，关键在于选任合适的官员，因而希望通过选任官员整肃吏治。傅咸主张选官用人，唯才是举，一视同仁，不应该鄙视出身微贱的人和轻视地方官员。现在竞相谋夺朝内官职，不愿担任外官，已成风俗，应该尽快革除，使各级地方官员安于本职，勤于职守。他认为地方官直接亲近百姓。他们的品质优劣、政绩好坏是关系到社会能否安定、政权兴衰的大事。因而既要重视地方官的选任、提拔，又要注意听取他们的批评建议。
不久，傅咸又被任命兼职司隶校尉。这是一个负责纠察京师百官以及所辖各郡官吏的重要职务。当时朝纲涣散失禁，豪门放纵恣肆，结党营私，请贿相托，混乱朝野。傅咸上任伊始就严加查处违法乱纪的官员，上书奏请罢免河南尹司马澹、左将军司马倩、廷尉高光和兼任河南尹何攀等人的官职。这一举措震惊了文武百官，致使京都肃然，贵戚慑伏。
接着傅咸又弹劾了位居尚书左仆射兼领吏部尚书的重臣王戎。王戎禀性贪婪吝啬，广收八方园田，聚敛无度。虽居高官显位，却漠不关心国事，随波逐流。由于他主管吏部工作，一些心术不正的人乘机钻营，通过行贿求官与升迁。结果，不少人到任不久就得到提拔。从而也使地方百姓受困于接连不定的调任，基层吏卒则疲惫于迎送之中。傅咸上书指出：按照古代典制，官吏三年考核一次，经过三次考核才能决定升迁。可是现在，有的地方官吏任职不到一年，就被王戎调入京师。如此一来，不仅没有考定政绩的优劣，而且使地方百姓忙于送故迎新，辗转相望于道，影响了农业生产。王戎的这种驱动浮华、亏败风俗的行径，不但没有任何益处，反而极大地损害了国家权益。因此，应该罢免王戎的官职，以敦风俗。傅咸同时指出：王戎的两个幕僚李重和季毅，不劝勉王戎，匡正弊端, 也应该一并免职。
王戎是朝中的宠臣，权势显赫。傅咸无所顾忌，仗义弹劾，虽得到晋惠帝的肯定，但也遭到了王戎及其亲信的反对。御史中丞解结反弹劾说，傅咸弹劾王戎违背典制，超越职权侵犯了他人的职守，所奏不是他分内的事，应该将他免官。面对恶意的攻击，傅咸毫不退缩。他义正辞严地反驳说：身为司隶校尉，纠察违法乱纪的官吏，是应尽的职责。严正自身，以率他人，是应尽的义务。如果自己违犯了法令，甘愿受罚不求宽大处理。司隶校尉与御史中丞共掌纠察皇太子以下文武百官的职权。岂有可以纠察皇太子而不可纠察尚书的道理。由于傅咸的申辩十分有道理。朝廷也不得不承认他说得对。正直的朝臣对傅咸的凛然正气十分钦佩，称赞傅咸刚正不屈，忠诚果断。
元康四年（294年），傅咸逝世，享年56岁。朝廷谥“贞”。他一生刚正廉直，无私无畏，是无愧于这一谥号的。