在对中央财政管理审计情况进行报告时，审计署审计长刘家义表示，2009年,财政部和国家发展改革委等部门的宏观调控和保障作用不断增强。但中央财政管理中仍存在年初预算不够细化、资金分配不够规范等问题。
审计报告详列了以下14个问题：
（一）2009年，财政部代编160个项目预算1702.83亿元，代编预算规模仍较大。
（二）财政部批复的中央部门年初预算中，有财政拨款之外的基本支出1793.05亿元未细化到人员经费和日常公用经费；有27个项目支出170.20亿元、6项政府性基金支出59.40亿元未落实到具体项目或单位，其中三峡工程建设基金等4项政府性基金只列了预算支出总额。
（三）基本支出定员定额改革从2001年开始试点，目前中央财政尚未建立完善的定员定额体系，不利于规范预算分配和执行。
（四）在卫生部所属的15家医院2007年和2008年修购基金年末结余分别为45.15亿元、49.99亿元的情况下，财政部2009年仍安排其新建固定资产等项目预算16.39亿元，这不利于统筹安排资金，提高资金使用效益。
（五）国家发展改革委等5部门2009年1月下达天津、河北等6省区市2008年巩固退耕还林成果任务计划35.58亿元，财政部2009年6月才拨付资金，影响预算执行进度。
（六）2009年12月，中央本级库款支出为2166.53亿元，是前11个月平均数的1．87倍,占全年支出的14.2％,预算执行进度不够均衡。
（七）2009年，中央财政本级实际支付以前年度结转资金1343.10亿元，1至11月实际支付时均记列为当年预算支出，年末再一次性调减，使财政部向社会公布的1至11月中央本级财政支出数据不够准确。
（八）2009年，国家发展改革委向尚未取得初步设计批复的中国铁道科学研究院城市轨道交通试验线等2个项目、未取得环境影响评价审批意见或征地手续的无锡国家大型涡轮叶片研发和检测中心等3个项目、未完成评估论证的兰州国家石油储备基地工程等下达投资计划共计6．37亿元。截至2010年3月，上述项目均未开工建设，资金全部闲置。
（九）国家发展改革委在下达重点产业振兴和技术改造中央预算内投资计划时，将4．72亿元下达给了不属于该专项范围的22个建材项目和50个医药项目。
（十）2009年，国家发展改革委下达重点流域水污染治理项目中央预算内投资计划30亿元，涉及314个项目。抽查其中124个项目发现，实际投资补助标准存在较大差异，同流域同省份实际补助标准不一致的项目有60个，涉及11个省，如陕西省8个项目的实际补助标准最高为30％、最低仅4．3％。
（十一）因相关建设单位前期准备不充分等，截至2010年3月底，国家发展改革委下达的2009年农网完善工程等中央预算内投资计划79.79亿元中，有32.03亿元国家电网公司尚未向财政部申请使用，占40.14％；有11.03亿元滞留在省级电网公司未用。
（十二）截至2009年年底，国家发展改革委向国家文化和自然遗产地保护、抢救性文物保护设施建设等2个专项下达的中央投资分别占“十一五”规划项目任务的37.5％和52.36％。若按此投资进度，在规划期内很难完成建设。
（十三）审计18个省中等职业教育基础能力建设和农村初中校舍改造两个专项的437个项目发现，国家发展改革委把关不够严格，向地方申报材料不真实的项目下达中央预算内投资5154万元，其中2081.21万元被挪用于偿还欠款或其他项目建设。由于前期准备不足、选址变更和配套设施不全等，截至2009年年底，有13个项目未开工、9个项目建成后闲置，涉及中央投资5382万元。一些地方还存在转嫁配套责任等问题，有12个项目的1301万元配套资金被转嫁给下级政府和学校，另有4所学校向职工个人有偿集资1445.4万元。
（十四）审计18个直属海关关税和进口环节税征管情况发现，截至2009年年底，有11个海关对进口货物完税价格、适用税率以及减免税等审核把关不严，造成税款流失3664.55万元；有6个海关对13户企业擅自将尚在海关监管期内的免税进口货物移作他用的行为，未按规定要求企业补税或提供税收担保，涉及减免税款7．75亿元，存在税款流失隐患。此外，天津海关为调节收入进度，对22家企业2009年12月申报的进口货物，在符合征税条件的情况下，先以各种理由征收税款保证金8．01亿元，在2010年1月才转为税款入库。
“对上述问题，财政部、国家发展改革委和有关部门正在逐项研究，加以整改。”刘家义说。